跨学科论文的维普查重面临着多方面挑战。首先，不同学科领域的术语和表达方式差异巨大，容易造成误判。其次，跨学科论文往往涉及多个学科的知识，如何确保查重系统覆盖面广泛且准确性高是一个难点。另外，跨学科论文可能会涉及到不同领域的专业性数据和文献，如何进行合理的比对和分析也是一个挑战。综上所述，跨学科论文维普查重的挑战主要体现在术语差异、知识覆盖和数据处理等方面。

跨学科论文维普查重的挑战不仅仅是技术层面的问题，还涉及到学科交叉和跨界合作的挑战。在查重过程中，需要考虑不同学科的研究方法和标准，以及学术规范的差异性。此外，跨学科论文的维普查重还需要考虑到学术诚信和学术道德等方面的问题，如何确保论文的原创性和学术价值是一个重要的挑战。因此，跨学科论文维普查重的挑战不仅需要技术手段的支持，还需要学术界和出版社的共同努力，以确保学术研究的质量和可信度。